jstest-gtkを起動
設定したいジョイパッドの項目を選択してプロパティを押す
Mappingを押す
軸とボタンの項目が出るので、これをドラッグ・アンド・ドロップで並び替える
テストをしながら、うまくいくまで並び替えを行う
jstest-gtkはDebian/Ubuntuでは同名のディストリのパッケージをインストールすることで利用可能となる。
記事リンク
GNU/Linux上のジョイパッドデバイスにおける軸とボタンの割り当て変更について(2009/7/16現在)